Podstawową konfigurację autopilota wykonuje się za pomocą zmodyfikowanej wersji oprogramowania FPV Manager.  Jest tak dlatego że Dedalus jest młodszym bratem autopilota z systemu FPV i duża część funkcjonalności jest wspólna. Oprogramowanie jest bardzo podobne, ale nie jest identyczne, więc oprogramowanie do obsługi Dedalusa należy pobrać ze strony "Do pobrania" przeznaczonej Dedalusowi.

W części Settings konfiguruje się podstawowe parametry dotyczące typu samolotu, rodzaju usterzenia, podstawowych parametrów lotu i nastaw stabilizacji.

W części poświęconej konfiguracji  radia RC jest wybór rodzaju wejścia: równoległy, szeregowy PPM i SBus. Kolejna część pozwala na testowanie poprawności podłączenia sygnałów wejściowych oraz wyjściowych. Suwaki trymerów służą do ustawienia płaszczyzn sterujących w położeniu neutralnym.

Część poświęcona kalibracji służy do weryfikacji stanu czujników oraz ich kalibracji, tak aby wskazywały poprawne wartości. Czujniki są skalibrowane fabrycznie ale dobrą praktyką jest sprawdzić ich stan przed pierwszym lotem oraz okresowo co kilkadziesiąt lotów.

Panel Magnetometer pokazuje finalną wartość kursu magnetometru wewnętrznego opisaną jako "Heading". Sprawdzenie magnetometru polega na porównaniu wskazań ze znanymi kierunkami świata oraz na sprawdzeniu liniowości wskazań przy obracaniu autopilota o 360°. Kalibracja magnetometru może być uszkodzona przez magnesy, które czasami są używane do mocowania kabinki lub skrzydeł. W przypadku stwierdzenia nieliniowości wskazań lub odchyłki względem północy należy przeprowadzić kalibrację używając przycisku "Zero".

Panel Accelerometer pokazuje wskazania ±1g jako liczby w zakresie ±4096. Dla autopilota leżącego płasko na stole wskazania osi X i Y nie powinny być większe niż ± 50. Jeżeli wskazania odbiegają od normy, można je skalibrować wciskając przycisk "Zero XY". Autopilot powinien być nieruchomy w tym czasie.

Panel Gyroscope pokazuje prędkość kątową autopilota w 3 osiach. Dla nieruchomego autopilota powinna oscylować w okolicy zera. Jeżeli odbiega więcej niż 10 jednostek wtedy trzeba zrobić kalibrację. Pełna kalibracja polega na uchwyceniu wskazań dla 3 temperatur. Aby to zrobić należy autopilot umieścić w lodówce, tak aby schłodzić go do ok. 0°C. Schłodzony autopilot podłączamy do komputera przez USB i dla nieruchomo leżącego urządzenia naciskamy "Write min". Następnie czekamy aż urządzenie ogrzeje się do 25°C i naciskamy "Write mid". Finalnie podgrzewamy płytkę od spodu suszarką do włosów do 40°C i naciskamy "Write max".

W wersji uproszczonej można  ograniczyć się do  kalibracji tylko samej wartości "Write mid".

Kalibracja może zostać uszkodzona przez naprężenia mechaniczne, więc zwróć uwagę aby przewody podłączeniowe nie były naprężone i nic nie dotykało do autopilota.